La première loi imposant des obligations pour la libre circulation des poissons migrateurs date de 1865. Aujourd’hui, le dispositif réglementaire pour la restauration de la continuité écologique est basé sur deux listes de cours d’eau, définies par l’article L.214-17 du Code de l’Environnement :

• La liste 1, qui vise la non-dégradation de la continuité écologique, par l’interdiction de création de nouveaux obstacles à la continuité. Cette liste concerne 48 100km de cours d’eau du bassin.
• La liste 2, qui vise la restauration de la continuité écologique, par l’obligation de restaurer la circulation des poissons migrateurs et le transport suffisant des sédiments, dans un délai de 5 ans après l’arrêté de classement. Ce délai peut faire l’objet d’une prolongation, sous certaines conditions. 18 600km de cours d’eau sont classés en liste 2.

Malgré de nombreuses références réglementaires visant à limiter/aménager/effacer les obstacles à la continuité écologique, le bassin Loire-Bretagne compte, sur les cours d’eau classés en liste 2, quelques 5 600 ouvrages qui auraient dû, en 2012, faire l’objet d’une mise aux normes.

L'OFB a publié en 2018 une liste d'ouvrages à enjeu essentiel (OEE) qui recense 162 ouvrages sur le bassin de la Loire et 75 ouvrages en Bretagne. Elle permet de prioriser les actions d’aménagement ou d’effacement en faveur des poissons migrateurs amphihalins. Cette liste n’apporte en revanche aucune nouvelle contrainte réglementaire ni juridique pour accélérer la mise en conformité de ces ouvrages.

Dans ce contexte de discontinuité écologique et d’importants retards à la mise en conformité des ouvrages, le lobbying des hydroélectriciens et autres amis des moulins est préjudiciable pour la reconquête d’habitats favorables à la reproduction et au développement de nombreux migrateurs amphihalins.