Le bassin de la Loire est le seul en Europe à disposer d’une longue série chronologique portant sur l’abondance des géniteurs d’anguilles (anguilles argentées ou de dévalaison). Initié en 1987 sous l’impulsion de Philippe Boisneau, ce suivi des captures au guideau est un outil indispensable d'aide à la gestion de l’espèce, et à la compréhension du pattern de migration. A chaque saison de pêche (du 1er octobre au 15 février, du lundi 6h au samedi 18h), l’association traite les données de captures de l’ensemble de la flotte autorisée (7 guideaux en 2020), réalise des suivis biométriques (Lt, Pt, critères d’argenture) et procède à des éviscérations de vessies pour étudier la prévalence du parasite Anguillicola crassus.

Les données de captures de quatre pêcheries de référence (entre Montjean-sur-Loire et Ancenis) sont étudiées et analysées par l’Université de Tours pour déterminer un indice annuel d’abondance.

Parallèlement à ce cet indice d’abondance, depuis 2001, plusieurs campagnes de Capture-Marquage-Recapture (CMR) sont menées par la station marine du MNHN de Dinard. En utilisant les guideaux, les pêcheurs professionnels et les chercheurs, dirigés par le Professeur Éric Feunteun, capturent, marquent et relâchent des anguilles. Le nombre d’anguilles marquées recapturées, étudié en fonction du nombre total d’anguilles capturées sur la saison de pêche, permet d’établir une estimation des flux dévalants, en amont d’Ancenis et en période réglementaire de pêche. En 2019, un suivi expérimental de dévalaison ‘post-fermeture’ (du 16 février au 30 septembre) a permis d’obtenir des informations précieuses sur l’apport de ces migrations tardives dans le cortège migrant annuel et sur les conditions hydro-climatiques propices ou non à la dévalaison printanière.

Ces différents suivis permettent également de déterminer le taux d’exploitation de la pêcherie professionnelle en Loire sur la phase argentée de l’anguille (un guideau capte environ 1% du flux dévalant) et ainsi relativiser l’impact de cette activité parmi tous les autres facteurs de pression (discontinuité écologique, pollution, prédation, bouchon vaseux, pêche de loisirs, sécheresse, prélèvements d’eau…).

Mais l’application de la relève hebdomadaire (pêche interdite du samedi 18h au lundi 6h pendant toute la campagne de pêche, soit -28% du temps de pêche), comme imposé par le Règlement Anguille de la Commission Européenne (CE n°1100/2007), a eu un effet direct sur la pérennité du suivi engagé depuis 1987. Pour compenser la perte d’information sur la migration en période de relève hebdomadaire, l’association a porté ce suivi pluriannuel dans le cadre de l’appel à projets migrateurs de la DREAL Centre-Val de Loire avec le financement de quelques nuits, par guideau, de pêches scientifiques de relève hebdomadaire (capture, comptage puis remise à l’eau de toutes les anguilles).

La pêcherie d’anguilles argentées en Loire est la seule en Europe à disposer d’une estimation de flux provenant d’un grand bassin hydrographique. Reconnue par les instances européennes, elle permet d’alimenter et calibrer le modèle EDA (Eel Density Analysis), avec d’autres données de rivières index de plus petites tailles.

Dans le cadre des Appels à Projets Migrateurs, les suivis de dévalaison des anguilles en Loire sont financés par l'Agence de l'Eau Loire-Bretagne et le FEDER Loire.